主持完成国家自然科学基金项目以及中央宣传部、中央统战部、国家发展改革委、国家市场监管总局、中国科学技术协会等省部级课题20多项，出版《中国服务业发展及其空间结构》《中国生物经济发展战略：面向2035的生物经济强国之路》《践行五大发展理念全面建设创新中国：中国创新驱动发展战略报告》《商业秘密保护与产业创新发展》等学术著作6部，在权威报刊和核心期刊发表学术文章60多篇，其中《新华文摘》全文转载3篇，研究成果获国家发展改革委优秀成果一等奖1项、其他奖项多项。

1、任旺兵、邱灵：《商业秘密保护与产业创新发展：作用机制、现实困境与战略取向》，《宏观经济研究》，2024年第2期（全文转载于《新华文摘》2024年第17期）。

2、邱灵：《着力提升产业链供应链韧性和安全水平》，《宏观经济管理》，2023年第1期。

3、邱灵：《加快发展技术要素市场研究》，《宏观经济研究》，2022年第9期。

4、邱灵、韩祺、姜江：《面向2035的中国生物经济发展战略研究》，《宏观经济研究》，2021年第11期（全文转载于《新华文摘》2022年第10期）。

5、邱灵：《将区域创新集群培育成为创新型国家建设的推动力》，《宏观经济研究》，2018年第11期。

6、邱灵：《北京市生产性服务业空间结构演化机理研究》，《中国软科学》，2013年第5期。